Table 5 BLAST results with extracted ITS sequence against GenBank
From: Genome skimming herbarium specimens for DNA barcoding and phylogenomics
Query information | BLAST results | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
Query_Sample ID | Query_Species (Family) | PCR cycles | Gene name | Length (bp) | Reference_Species (Family) | Query coverage | Identities |
01A | Manglietia fordiana (Magnoliaceae) | 12 | ITS | 369 | Magnolia virginiana_DQ499097.1 (Magnoliaceae) | 100% | 95% |
02A | Manglietia fordiana (Magnoliaceae) | 12 | ITS | 349 | Magnolia virginiana_DQ499097.1 (Magnoliaceae) | 100% | 95% |
03A | Schisandra henryi (Schisandraceae) | 12 | ITS | 676 | Schisandra pubescens_AF263436.1 (Schisandraceae) | 99% | 100% |
04A | Schisandra henryi (Schisandraceae) | 12 | ITS | 676 | Schisandra pubescens_JF978533.1 (Schisandraceae) | 99% | 99% |
05A | Phoebe neurantha (Lauraceae) | 12 | ITS | 518 | Phoebe neurantha_FM957847.1 (Lauraceae) | 100% | 99% |
06A | Cinnamomum bodinieri (Lauraceae) | 12 | ITS | 603 | Cinnamomum micranthum f. kanehirae _KP218515.1 (Lauraceae) | 100% | 99% |
08A | Holboellia latifolia (Lardizabalaceae) | 12 | ITS | 677 | Holboellia angustifolia subsp. angustifolia_AY029790.1 (Lardizabalaceae) | 100% | 99% |
09A | Chloranthus erectus (Chloranthaceae) | 12 | ITS | 663 | Chloranthus erectus_AF280410.1 (Chloranthaceae) | 99% | 99% |
10A | Sarcandra glabra (Chloranthaceae) | 12 | ITS | 667 | Sarcandra glabra_KWNU91871 (Chloranthaceae) | 100% | 100% |
11A | Meconopsis racemosa (Papaveraceae) | 12 | ITS | 671 | Meconopsis racemosa_JF411034.1 (Papaveraceae) | 100% | 99% |
12A | Macleaya microcarpa (Papaveraceae) | 12 | ITS | 612 | Macleaya cordata_AY328307.1 (Papaveraceae) | 99% | 89% |
13A | Hodgsonia macrocarpa (Cucurbitaceae) | 12 | ITS | 614 | Hodgsonia heteroclita_HE661302.1 (Cucurbitaceae) | 100% | 98% |
14A | Malus yunnanensis (Rosaceae) | 12 | ITS | 596 | Malus prattii_JQ392445.1 (Rosaceae) | 99% | 99% |
15A | Elaeagnus loureirii (Elaeagnaceae) | 12 | ITS | 649 | Elaeagnus macrophylla_JQ062495.1 (Elaeagnaceae) | 99% | 99% |
16A | Rhododendron rex subsp. fictolacteum (Ericaceae) | 12 | ITS | 646 | Rhododendron rex subsp. fictolacteum_KM605995.1 (Ericaceae) | 100% | 100 |
17A | Swertia bimaculata (Gentianaceae) | 12 | ITS | 626 | Swertia bimaculata _JF978819.2 (Gentianaceae) | 100 | 99% |
18A | Primula sinopurpurea (Primulaceae) | 12 | ITS | 631 | Primula melanops_JF978004.1 (Primulaceae) | 100% | 99% |
19A | Paederia scandens (Araceae) | 12 | ITS | – | – | – | – |
20A | Colocasia esculenta (Araceae) | 12 | ITS | 552 | Colocasia esculenta_AY081000.1 (Araceae) | 99% | 99% |
21A | Pholidota chinensis (Orchidaceae) | 12 | ITS | – | – | – | – |
22A | Otochilus porrectus (Orchidaceae) | 12 | ITS | – | – | – | – |
23A | Indosasa sinica (Poaceae) | 12 | ITS | 604 | Oligostachyum sulcatum_EU847131.1 (Poaceae) | 98 | 99 |
24A | Camellia gymnogyna (Theaceae) | 12 | ITS | – | – | – | – |
25A | Camellia sinensis var. assamica (Theaceae) | 12 | ITS | 645 | Camellia sinensis var. sinensis_FJ004871.1 (Theaceae) | 99% | 99% |
26A | Panicum incomtum (Poaceae) | 12 | ITS | 795 | Chasechloa egregia_LT593967.1 (Poaceae) | 100 | 98 |