Table 4 BLAST results with extracted rbcL sequence against GenBank
From: Genome skimming herbarium specimens for DNA barcoding and phylogenomics
Query Information | BLAST results | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Query_Sample ID | Query_Species (Family) | PCR cycles | Gene name | Length (bp) | Reference_Species_Accession number (Family) | Query coverage (%) | Identities (%) | Identify level |
01A | Manglietia fordiana (Magnoliaceae) | 12 | rbcL | 1428 | Magnolia cathcartii_JX280392.1 (Magnoliaceae) | 100 | 99 | Family |
Magnolia biondii_KY085894.1 (Magnoliaceae) | 100 | 99 | ||||||
Michelia odora_JX280398.1 (Magnoliaceae) | 100 | 99 | ||||||
Manglietia fordiana_L12658.1 (Magnoliaceae) | 98 | 100 | ||||||
02A | Manglietia fordiana (Magnoliaceae) | 12 | rbcL | 1428 | Magnolia cathcartii_JX280392.1 (Magnoliaceae) | 100 | 99 | Family |
Magnolia biondii_KY085894.1 (Magnoliaceae) | 100 | 99 | ||||||
Michelia odora_JX280398.1 (Magnoliaceae) | 100 | 99 | ||||||
Manglietia fordiana_L12658.1 (Magnoliaceae) | 98 | 100 | ||||||
03A | Schisandra henryi (Schisandraceae) | 12 | rbcL | 1428 | Schisandra chinensis_KY111264.1 (Schisandraceae) | 100 | 99 | Genus |
Schisandra chinensis_KU362793.1 (Schisandraceae) | 100 | 99 | ||||||
Schisandra sphenanthera_L12665.2 (Schisandraceae) | 98 | 99 | ||||||
04A | Schisandra henryi (Schisandraceae) | 12 | rbcL | 1428 | Schisandra chinensis_KY111264.1 (Schisandraceae) | 100 | 99 | Genus |
Schisandra chinensis_KU362793.1 (Schisandraceae) | 100 | 99 | ||||||
Schisandra sphenanthera_L12665.2 (Schisandraceae) | 98 | 99 | ||||||
05A | Phoebe neurantha (Lauraceae) | 12 | rbcL | 1428 | Phoebe omeiensis_KX437772.1 (Lauraceae) | 100 | 99 | Family |
Persea Americana_KX437771.1 (Lauraceae) | 100 | 99 | ||||||
Persea sp. _JF966606.1 (Lauraceae) | 100 | 99 | ||||||
06A | Cinnamomum bodinieri (Lauraceae) | 12 | rbcL | 1428 | Phoebe bournei_KY346512.1 (Lauraceae) | 100 | 99 | Family |
Phoebe chekiangensis_KY346511.1 (Lauraceae) | 100 | 99 | ||||||
Phoebe sheareri_KX437773.1 (Lauraceae) | 100 | 99 | ||||||
Cinnamomum verum_KY635878.1 (Lauraceae) | 100 | 99 | ||||||
08A | Holboellia latifolia (Lardizabalaceae) | 12 | rbcL | 1428 | Akebia quinata_KX611091.1 (Lardizabalaceae) | 100 | 99 | Family |
Stauntonia hexaphylla_L37922.2 (Lardizabalaceae) | 99 | 99 | ||||||
Akebia trifoliate_KU204898.1 (Lardizabalaceae) | 100 | 99 | ||||||
Holboellia latifolia_L37918.2 (Lardizabalaceae) | 99 | 99 | ||||||
09A | Chloranthus erectus (Chloranthaceae) | 12 | rbcL | 1428 | Chloranthus spicatus_EF380352.1 (Chloranthaceae) | 100 | 100 | Genus |
Chloranthus japonicas_KP256024.1 (Chloranthaceae) | 100 | 99 | ||||||
Chloranthus spicatus_AY236835.1 (Chloranthaceae) | 98 | 99 | ||||||
Chloranthus erectus_AY236834.1 (Chloranthaceae) | 98 | 99 | ||||||
10A | Sarcandra glabra (Chloranthaceae) | 12 | rbcL | 1428 | Chloranthus spicatus_EF380352.1 (Chloranthaceae) | 100 | 99 | Family |
Chloranthus japonicas_KP256024.1 (Chloranthaceae) | 100 | 98 | ||||||
Chloranthus nervosus_AY236841.1 (Chloranthaceae) | 97 | 98 | ||||||
Sarcandra glabra_HQ336522.1 (Chloranthaceae) | 89 | 100 | ||||||
11A | Meconopsis racemosa (Papaveraceae) | 12 | rbcL | 1428 | Meconopsis horridula_JX087717.1 (Papaveraceae) | 97 | 100 | Genus |
Meconopsis horridula_ JX087712.1 (Papaveraceae) | 97 | 99 | ||||||
Meconopsis delavayi_JX087688.1 (Papaveraceae) | 97 | 99 | ||||||
12A | Macleaya microcarpa (Papaveraceae) | 12 | rbcL | 1428 | Macleaya microcarpa_FJ626612.1 (Papaveraceae) | 97 | 99 | Family |
Macleaya cordata_U86629.1 (Papaveraceae) | 97 | 99 | ||||||
Coreanomecon hylomeconoides_KT274030.1 (Papaveraceae) | 100 | 98 | ||||||
13A | Hodgsonia macrocarpa (Cucurbitaceae) | 12 | rbcL | 1449 | Cucumis sativus var. hardwickii_KT852702.1 (Cucurbitaceae) | 100 | 98 | Family |
Cucumis sativus_KX231330.1 (Cucurbitaceae) | 100 | 98 | ||||||
Cucumis sativus_KX231329.1 (Cucurbitaceae) | 100 | 98 | ||||||
14A | Malus yunnanensis (Rosaceae) | 12 | rbcL | 1428 | Cotoneaster franchetii_KY419994.1 (Rosaceae) | 100 | 99 | Family |
Vauquelinia californica_KY419925.1 (Rosaceae) | 100 | 99 | ||||||
Cotoneaster horizontalis_KY419917.1 (Rosaceae) | 100 | 99 | ||||||
Malus doumeri_KX499861.1 (Rosaceae) | 100 | 99 | ||||||
15A | Elaeagnus loureirii (Elaeagnaceae) | 12 | rbcL | 1428 | Elaeagnus macrophylla_KP211788.1 (Elaeagnaceae) | 100 | 99 | Order |
Elaeagnus sp._KY420020.1 (Elaeagnaceae) | 100 | 99 | ||||||
Toricellia angulate_KX648359.1 (Cornaceae) | 99 | 99 | ||||||
16A | Rhododendron rex subsp. Fictolacteum (Ericaceae) | 12 | rbcL | 1428 | Rhododendron simsii_GQ997829.1 (Ericaceae) | 100 | 99 | Family |
Rhododendron ponticum_KM360957.1 (Ericaceae) | 98 | 99 | ||||||
Epacris sp._ L01915.2 (Ericaceae) | 97 | 99 | ||||||
17A | Swertia bimaculata (Gentianaceae) | 12 | rbcL | 1443 | Swertia mussotii_KU641021.1 (Gentianaceae) | 98 | 99 | Family |
Gentianopsis ciliate_KM360802.1 (Gentianaceae) | 97 | 98 | ||||||
Gentianella rapunculoides_Y11862.1 (Gentianaceae) | 97 | 99 | ||||||
18A | Primula sinopurpurea (Primulaceae) | 12 | rbcL | 1428 | Primula poissonii_KX668176.1 (Primulaceae) | 100 | 99 | Genus |
Primula chrysochlora_KX668178.1 (Primulaceae) | 100 | 99 | ||||||
Primula poissonii_KF753634.1 (Primulaceae) | 100 | 99 | ||||||
19A | Paederia scandens (Araceae) | 12 | rbcL | 1443 | Pothos scandens_AM905732.1 (Araceae) | 96 | 99 | Family |
Pedicellarum paiei_AM905733.1 (Araceae) | 96 | 99 | ||||||
Pothoidium lobbianum_AM905734.1 (Araceae) | 96 | 99 | ||||||
20A | Colocasia esculenta (Araceae) | 12 | rbcL | 1443 | Colocasia esculenta_JN105690.1 (Araceae) | 100 | 100 | Species |
Colocasia esculenta_JN105689.1 (Araceae) | 100 | 99 | ||||||
Pinellia pedatisecta_KT025709.1 (Araceae) | 100 | 99 | ||||||
21A | Pholidota chinensis (Orchidaceae) | 12 | rbcL | – | – | – | ||
22A | Otochilus porrectus (Orchidaceae) | 12 | rbcL | – | – | – | ||
23A | Indosasa sinica (Poaceae) | 12 | rbcL | 1434 | Pleioblastus maculatus_JX513424.1 (Poaceae) | 100 | 100 | Family |
Oligostachyum shiuyingianum_JX513423.1 (Poaceae) | 100 | 100 | ||||||
Indosasa sinica_JX513422.1 (Poaceae) | 100 | 100 | ||||||
24A | Camellia gymnogyna (Theaceae) | 12 | rbcL | 1428 | Camellia szechuanensis_KY406778.1 (Theaceae) | 100 | 100 | Family |
Pyrenaria menglaensis_KY406747.1 (Theaceae) | ||||||||
Camellia luteoflora_KY626042.1 (Theaceae) | ||||||||
25A | Camellia sinensis var. assamica (Theaceae) | 12 | rbcL | 1428 | Camellia szechuanensis_KY406778.1 (Theaceae) | 100 | 100 | Family |
Pyrenaria menglaensis_KY406747.1 (Theaceae) | 100 | 100 | ||||||
Camellia luteoflora_KY626042.1 (Theaceae) | 100 | 100 | ||||||
Camellia sinensis var. assamica_JQ975030.1 (Theaceae) | 100 | 100 | ||||||
26A | Panicum incomtum (Poaceae) | 12 | rbcL | 1434 | Lecomtella madagascariensis_HF543599.2 (Poaceae) | 99 | 99 | Family |
Chasechloa madagascariensis_KX663838.1 (Poaceae) | 99 | 99 | ||||||
Amphicarpum muhlenbergianum_KU291489.1 (Poaceae) | 99 | 99 | ||||||
Panicum virgatum_HQ731441.1 (Poaceae) | 100 | 99 | ||||||