TY - JOUR AU - Graham, P. H. AU - Vance, C. P. PY - 2003 DA - 2003// TI - Legumes: importance and constraints to greater use JO - Plant Physiology VL - 131 UR - https://doi.org/10.1104/pp.017004 DO - 10.1104/pp.017004 ID - Graham2003 ER - TY - JOUR AU - Schauser, L. AU - Roussis, A. AU - Stiller, J. AU - Stougaard, J. PY - 1999 DA - 1999// TI - A plant regulator controlling development of symbiotic root nodules JO - Nature VL - 402 UR - https://doi.org/10.1038/46058 DO - 10.1038/46058 ID - Schauser1999 ER - TY - JOUR AU - Frugier, F. AU - Poirier, S. AU - Satiat-Jeunemaitre, B. AU - Kondorosi, A. AU - Crespi, M. PY - 2000 DA - 2000// TI - A Kruppel-like zinc finger protein is involved in nitrogen-fixing root nodule organogenesis JO - Genes Dev VL - 14 ID - Frugier2000 ER - TY - JOUR AU - Nishimura, R. AU - Ohmori, M. AU - Fujita, H. AU - Kawaguchi, M. PY - 2002 DA - 2002// TI - A Lotus basic leucine zipper protein with a RING-finger motif negatively regulates the developmental program of nodulation JO - Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America VL - 99 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.222302699 DO - 10.1073/pnas.222302699 ID - Nishimura2002 ER - TY - JOUR AU - Gronlund, M. AU - Gustafsen, C. AU - Roussis, A. AU - Jensen, D. AU - Nielsen, L. P. AU - Marcker, K. A. AU - Jensen, E. O. PY - 2003 DA - 2003// TI - The Lotus japonicus ndx gene family is involved in nodule function and maintenance JO - Plant Molecular Biology VL - 52 UR - https://doi.org/10.1023/A:1023967214199 DO - 10.1023/A:1023967214199 ID - Gronlund2003 ER - TY - JOUR AU - Kaló, P. AU - Gleason, C. AU - Edwards, A. AU - Marsh, J. AU - Mitra, R. M. AU - Hirsch, S. AU - Jakab, J. AU - Sims, S. AU - Long, S. R. AU - Rogers, J. AU - Kiss, G. B. AU - Downie, J. A. AU - Oldroyd, G. E. D. PY - 2005 DA - 2005// TI - Nodulation signaling in legumes requires NSP2, a member of the GRAS family of transcriptional regulators. JO - Science VL - 308 UR - https://doi.org/10.1126/science.1110951 DO - 10.1126/science.1110951 ID - Kaló2005 ER - TY - JOUR AU - Smit, P. AU - Raedts, J. AU - Portyanko, V. AU - Debelle, F. AU - Gough, C. AU - Bisseling, T. AU - Geurts, R. PY - 2005 DA - 2005// TI - NSP1 of the GRAS protein family is essential for rhizobial Nod factor-induced transcription JO - Science VL - 308 UR - https://doi.org/10.1126/science.1111025 DO - 10.1126/science.1111025 ID - Smit2005 ER - TY - JOUR AU - Combier, J. P. AU - Frugier, F. AU - de Billy, F. AU - Boualem, A. AU - El-Yahyaoui, F. AU - Moreau, S. AU - Vernie, T. AU - Ott, T. AU - Gamas, P. AU - Crespi, M. AU - Niebel, A. PY - 2006 DA - 2006// TI - MtHAP2-1 is a key transcriptional regulator of symbiotic nodule development regulated by microRNA169 in Medicago truncatula JO - Genes & Development VL - 20 UR - https://doi.org/10.1101/gad.402806 DO - 10.1101/gad.402806 ID - Combier2006 ER - TY - JOUR AU - Middleton, P. H. AU - Jakab, J. AU - Penmetsa, R. V. AU - Starker, C. G. AU - Doll, J. AU - Kaló, P. AU - Prabhu, R. AU - Marsh, J. F. AU - Mitra, R. M. AU - Kereszt, A. AU - Dudas, B. AU - VandenBosch, K. AU - Long, S. R. AU - Cook, D. R. AU - Kiss, G. B. AU - Oldroyd, G. E. PY - 2007 DA - 2007// TI - An ERF transcription factor in Medicago truncatula that is essential for Nod factor signal transduction JO - Plant Cell VL - 19 UR - https://doi.org/10.1105/tpc.106.048264 DO - 10.1105/tpc.106.048264 ID - Middleton2007 ER - TY - JOUR AU - Riechmann, J. L. AU - Heard, J. AU - Martin, G. AU - Reuber, L. AU - Jiang, C. Z. AU - Keddie, J. AU - Adam, L. AU - Pineda, O. AU - Ratcliffe, O. J. AU - Samaha, R. R. AU - Creelman, R. AU - Pilgrim, M. AU - Broun, P. AU - Zhang, J. Z. AU - Ghandehari, D. AU - Sherman, B. K. AU - Yu, G. L. PY - 2000 DA - 2000// TI - Arabidopsis transcription factors: Genome-wide comparative analysis among eukaryotes JO - Science VL - 290 UR - https://doi.org/10.1126/science.290.5499.2105 DO - 10.1126/science.290.5499.2105 ID - Riechmann2000 ER - TY - JOUR AU - Udvardi, M. K. AU - Kakar, K. AU - Wandrey, M. AU - Montanari, O. AU - Murray, J. AU - Andriankaja, A. AU - Zhang, J. Y. AU - Benedito, V. AU - Hofer, J. M. I. AU - Chueng, F. AU - Town, C. D. PY - 2007 DA - 2007// TI - Legume Transcription Factors: Global Regulators of Plant Development and Response to the Environment JO - Plant Physiol VL - 144 UR - https://doi.org/10.1104/pp.107.098061 DO - 10.1104/pp.107.098061 ID - Udvardi2007 ER - TY - CHAP AU - Riechmann, J. L. ED - Somerville, C. R. ED - Meyerowitz, E. M. PY - 2002 DA - 2002// TI - Transcriptional Regulation: a Genomic Overview BT - The Arabidopsis Book PB - The American Society of Plant Biologists CY - Rockville ID - Riechmann2002 ER - TY - JOUR AU - Alonso, J. M. AU - Ecker, J. R. PY - 2006 DA - 2006// TI - Moving forward in reverse: genetic technologies to enable genome-wide phenomic screens in Arabidopsis JO - Nat Rev Genet VL - 7 UR - https://doi.org/10.1038/nrg1893 DO - 10.1038/nrg1893 ID - Alonso2006 ER - TY - JOUR AU - Young, N. D. AU - Cannon, S. B. AU - Sato, S. AU - Kim, D. AU - Cook, D. R. AU - Town, C. D. AU - Roe, B. A. AU - Tabata, S. PY - 2005 DA - 2005// TI - Sequencing the genespaces of Medicago truncatula and Lotus japonicus JO - Plant Physiol VL - 137 UR - https://doi.org/10.1104/pp.104.057034 DO - 10.1104/pp.104.057034 ID - Young2005 ER - TY - JOUR AU - El-Yahyaoui, F. AU - Küster, H. AU - Amor, B. B. AU - Hohnjec, N. AU - Pühler, A. AU - Becker, A. AU - Gouzy, J. AU - Vernié, T. AU - Gough, C. AU - Niebel, A. AU - Godiard, L. AU - Gamas, P. PY - 2004 DA - 2004// TI - Expression profiling in Medicago truncatula identifies more than 750 genes differentially expressed during nodulation, including many potential regulators of the symbiotic program. JO - Plant Physiology VL - 136 UR - https://doi.org/10.1104/pp.104.043612 DO - 10.1104/pp.104.043612 ID - El-Yahyaoui2004 ER - TY - JOUR AU - Hohnjec, N. AU - Vieweg, M. F. AU - Pühler, A. AU - Becker, A. AU - Küster, H. PY - 2005 DA - 2005// TI - Overlaps in the transcriptional profiles of Medicago truncatula roots inoculated with two different Glomus fungi provide insights into the genetic program activated during arbuscular mycorrhiza JO - Plant Physiol VL - 137 UR - https://doi.org/10.1104/pp.104.056572 DO - 10.1104/pp.104.056572 ID - Hohnjec2005 ER - TY - JOUR AU - Holmes, P. AU - Goffard, N. AU - Weiller, G. F. AU - Rolfe, B. G. AU - Imin, N. PY - 2008 DA - 2008// TI - Transcriptional profiling of Medicago truncatula meristematic root cells. JO - BMC Plant Biol VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2229-8-21 DO - 10.1186/1471-2229-8-21 ID - Holmes2008 ER - TY - JOUR AU - Horak, C. E. AU - Snyder, M. PY - 2002 DA - 2002// TI - Global analysis of gene expression in yeast JO - Funct Integr Genomics VL - 2 UR - https://doi.org/10.1007/s10142-002-0065-3 DO - 10.1007/s10142-002-0065-3 ID - Horak2002 ER - TY - JOUR AU - Czechowski, T. AU - Bari, R. P. AU - Stitt, M. AU - Scheible, W. R. AU - Udvardi, M. K. PY - 2004 DA - 2004// TI - Real-time RT-PCR profiling of over 1400 Arabidopsis transcription factors: unprecedented sensitivity reveals novel root- and shoot-specific genes JO - Plant Journal VL - 38 UR - https://doi.org/10.1111/j.1365-313X.2004.02051.x DO - 10.1111/j.1365-313X.2004.02051.x ID - Czechowski2004 ER - TY - JOUR AU - Caldana, C. AU - Scheible, W. R. AU - Mueller-Roeber, B. AU - Ruzicic, S. PY - 2007 DA - 2007// TI - A quantitative RT-PCR platform for high-throughput expression profiling of 2500 rice transcription factors JO - Plant Methods VL - 3 UR - https://doi.org/10.1186/1746-4811-3-7 DO - 10.1186/1746-4811-3-7 ID - Caldana2007 ER - TY - JOUR AU - Scheible, W. R. AU - Morcuende, R. AU - Czechowski, T. AU - Fritz, C. AU - Osuna, D. AU - Palacios-Rojas, N. AU - Schindelasch, D. AU - Thimm, O. AU - Udvardi, M. K. AU - Stitt, M. PY - 2004 DA - 2004// TI - Genome-wide reprogramming of primary and secondary metabolism, protein synthesis, cellular growth processes, and the regulatory infrastructure of Arabidopsis in response to nitrogen JO - Plant Physiology VL - 136 UR - https://doi.org/10.1104/pp.104.047019 DO - 10.1104/pp.104.047019 ID - Scheible2004 ER - TY - JOUR AU - McGrath, K. C. AU - Dombrecht, B. AU - Manners, J. M. AU - Schenk, P. M. AU - Edgar, C. I. AU - Maclean, D. J. AU - Scheible, W. R. AU - Udvardi, M. K. AU - Kazan, K. PY - 2005 DA - 2005// TI - Repressor- and activator-type ethylene response factors functioning in jasmonate signaling and disease resistance identified via a genome-wide screen of Arabidopsis transcription factor gene expression JO - Plant Physiol VL - 139 UR - https://doi.org/10.1104/pp.105.068544 DO - 10.1104/pp.105.068544 ID - McGrath2005 ER - TY - JOUR AU - Morcuende, R. AU - Bari, R. AU - Gibon, Y. AU - Zheng, W. AU - Pant, B. D. AU - Bläsing, O. AU - Usadel, B. AU - Czechowski, T. AU - Udvardi, M. K. AU - Stitt, M. AU - Scheible, W. R. PY - 2007 DA - 2007// TI - Genome-wide reprogramming of metabolism and regulatory networks of Arabidopsis in response to phosphorus JO - Plant Cell Environ VL - 30 UR - https://doi.org/10.1111/j.1365-3040.2006.01608.x DO - 10.1111/j.1365-3040.2006.01608.x ID - Morcuende2007 ER - TY - JOUR AU - Libault, M. AU - Wan, J. AU - Czechowski, T. AU - Udvardi, M. AU - Stacey, G. PY - 2007 DA - 2007// TI - Identification of 118 Arabidopsis transcription factor and 30 ubiquitin-ligase genes responding to chitin, a plant-defense elicitor JO - Mol Plant Microbe Interact VL - 20 UR - https://doi.org/10.1094/MPMI-20-8-0900 DO - 10.1094/MPMI-20-8-0900 ID - Libault2007 ER - TY - JOUR AU - Guo, A. AU - He, K. AU - Liu, D. AU - Bai, S. AU - Gu, X. AU - Wei, L. AU - Luo, J. PY - 2005 DA - 2005// TI - DATF: a database of Arabidopsis transcription factors JO - Bioinformatics VL - 21 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bti334 DO - 10.1093/bioinformatics/bti334 ID - Guo2005 ER - TY - JOUR AU - Iida, K. AU - Seki, M. AU - Sakurai, T. AU - Satou, M. AU - Akiyama, K. AU - Toyoda, T. AU - Konagaya, A. AU - Shinozaki, K. PY - 2005 DA - 2005// TI - RARTF: Database and tools for complete sets of Arabidopsis transcription factors JO - DNA Res VL - 12 UR - https://doi.org/10.1093/dnares/dsi011 DO - 10.1093/dnares/dsi011 ID - Iida2005 ER - TY - STD TI - InterPro: Database of protein families, domains and sites. [http://www.ebi.ac.uk/interpro/] UR - http://www.ebi.ac.uk/interpro/ ID - ref27 ER - TY - STD TI - WU-BLAST: Washington University BLAST Archives. [http://blast.wustl.edu] UR - http://blast.wustl.edu ID - ref28 ER - TY - STD TI - NCBI: The National Center for Biotechnology Information. [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast] UR - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast ID - ref29 ER - TY - STD TI - UniProt: The Universal Protein Resource. [http://www.uniprot.org/] UR - http://www.uniprot.org/ ID - ref30 ER - TY - JOUR AU - Ramakers, C. AU - Ruijter, J. M. AU - Deprez, R. H. AU - Moorman, A. F. PY - 2003 DA - 2003// TI - Assumption-free analysis of quantitative real-time polymerase chain reaction (PCR) data JO - Neurosci Lett VL - 339 UR - https://doi.org/10.1016/S0304-3940(02)01423-4 DO - 10.1016/S0304-3940(02)01423-4 ID - Ramakers2003 ER - TY - JOUR AU - Pay, A. AU - Heberle-Bors, E. AU - Hirt, H. PY - 1992 DA - 1992// TI - An alfalfa cDNA encodes a protein with homology to translationally controlled human tumor protein JO - Plant Molecular Biology VL - 19 UR - https://doi.org/10.1007/BF00023399 DO - 10.1007/BF00023399 ID - Pay1992 ER - TY - JOUR AU - Czechowski, T. AU - Stitt, M. AU - Altmann, T. AU - Udvardi, M. K. AU - Scheible, W. R. PY - 2005 DA - 2005// TI - Genome-wide identification and testing of superior reference genes for transcript normalization in Arabidopsis JO - Plant Physiology VL - 139 UR - https://doi.org/10.1104/pp.105.063743 DO - 10.1104/pp.105.063743 ID - Czechowski2005 ER - TY - STD TI - geNORM software . [http://medgen.ugent.be/%7Ejvdesomp/genorm] UR - http://medgen.ugent.be/%7Ejvdesomp/genorm ID - ref34 ER - TY - JOUR AU - Vandesompele, J. AU - De Preter, K. AU - Pattyn, F. AU - Poppe, B. AU - Van Roy, N. AU - De Paepe, A. AU - Speleman, F. PY - 2002 DA - 2002// TI - Accurate normalization of real-time quantitative RT-PCR data by geometric averaging of multiple internal control genes JO - Genome Biology VL - 3 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2002-3-7-research0034 DO - 10.1186/gb-2002-3-7-research0034 ID - Vandesompele2002 ER - TY - JOUR AU - Chomczynski, P. AU - Mackey, K. PY - 1995 DA - 1995// TI - Modification of the TRI reagent procedure for isolation of RNA from polysaccharide- and proteoglycan-rich sources JO - Biotechniques VL - 19 ID - Chomczynski1995 ER - TY - CHAP AU - Rozen, S. AU - Skaletsky, H. ED - Krawetz, S. ED - Misener, S. PY - 2000 DA - 2000// TI - Primer 3 on the WWW for general users and for biologist programmers BT - Bioinformatics Methods and Protocols: Methods in Molecular Biology PB - Humana Press CY - Totowa, NJ , H ID - Rozen2000 ER - TY - CHAP AU - Benedito, V. A. AU - Torres-Jerez, I. AU - Murray, J. D. AU - Andriankaja, A. AU - Allen, S. AU - Kakar, K. AU - Wandrey, M. AU - Verdier, J. AU - Zuber, H. AU - Ott, T. AU - Moreau, S. AU - Niebel, A. AU - Frickey, T. AU - Weiller, G. AU - He, J. AU - Dai, X. AU - Zhao, P. X. AU - Tang, Y. AU - Udvard, M. K. PY - 2008 DA - 2008// TI - A gene expression atlas of the model legume Medicago truncatula BT - Plant Journal ID - Benedito2008 ER -